Awalnya Balai Pembibitan Ternak Unggul dan Hijauan Pakan Ternak Pelaihari bernama Balai Pembibitan Ternak Unggul Kambing Domba dan Itik Pelaihari, yang juga perubahan nama dari Balai Pembibitan Ternak dan Hijauan Makananan ternak (BPT-HMT) Pelaihari. Sesuai Keputusan Menteri Pertanian Nomor:313/KPTS/Org/1978 tanggal 25 Mei 1978, BPT-HMT Pelaihari mempunyai tugas melaksanakan penyediaan bibit ternak dan bibit hijauan makanan ternak, dengan wilayah pelayanan mencakup Provinsi Kalimantan Barat, Kalimantan Timur dan Kalimantan Selatan. BPT-HMT Pelaihari memelihara kambing Peranakan Ettawa, itik Alabio, Ayam Arab, Sapi Bali, Sapi Simbara (Simental Brahman). BPT-HMT Pelaihari mempunyai tugas pokok dalam pengadaan dan penyediaan bibit ternak dan hijauan makanan ternak dalam rangka memperbaiki mutu ternak dan mutu hijauan makanan ternak.

Pelaksanaan tugas pokok tersebut diatas, BPT-HMT Pelaihari mempunyai fungsi sebagai berikut:
1. Pembinaan bibit ternak yang meliputi.
    a. Pemeliharaan stok ternak
    b. Produksi bibit ternak
    c. Pengendalian dan pengobatan penyakit
    d. Pemuliabiakan Ternak
    e. Pembinaan wilayah/daerah sumber bibit ternak
2. Pembinaan pembibitan hijauan makanan ternak yang meliputi:
    a. Pemeliharaan dan pengawasan kebun bibit hijauan makanan ternak
    b. Produksi bibit hijauan makanan ternak
    c. Pengolahan dan perawatan lahan
    d. Distribusi dan penyebaran bibit hijauan makanan ternak
3. Pembinaan uji teknologi terapan yang meliputi:
    a. Pelaksanaan paket ujicoba teknologi sesuai dengan kondisi wilayah pelayanan
    b. Rekomendasi penggunaan paket teknologi terapan untuk mendukung kegiatan penyuluhan

Pada tanggal 16 April 2002 Meneteri Pertanian dengan Surat Keputusan Nomor: 283/KPTS/OT.210 yang semula bernama Balai Pembibitan Ternak dan Hijauan Makanan Ternak (BPT-HMT) Pelaihari diubah menjadi Balai Pembibitan Ternak Unggul Kambing, Domba dan Itik (BPTU KDI) Pelaihari dengan wilayah kerja Nasional. Tugas pokok BPTU KDI adalah melaksanakan pemuliaan, produksi dan pemasaran bibit Kambing, Domba dan Itik Unggul. Fungsi-fungsi BPTU Kambing, Domba dan Itik Pelaihari yaitu:
1. Pelaksanaan pemeliharaan bibit kambing, domba dan itik unggul.
2. Pelaksanaan uji performance dan uji progeny kambing, domba dan itik unggul.
3. Pelaksanaan perkawinan (Breeding Ternak) Kambing, Domba dan Itik unggul.
4. Pelaksanaan pencatatan (Recording) pembibitan Kambing, Domba dan itik unggul.
5. Pemberian saran teknik produksi kambing, domba dan itik unggul.
6. Pemberian pelayanan teknik kegiatan pemeliharaan bibit kambing, domba dan itik unggul.
7. Pemberian pelayanan teknik kegiatan pemuliaan dan produksi bibit
    kambing, domba dan itik unggul
8. Pelaksanaan distribusi dan pemasaran hasil produksi bibit kambing, domba dan itik unggul.
9. Pelaksanaan urusan Tata Usaha dan Rumah Tangga.

Pada tanggal 24 Mei 2013 dalam rangka optimalisasi pelaksanaan tugas dan fungsi, Menteri Pertanian menetapkan Peraturan Menteri Pertanian Nomor: 56/Permentan/OT.140/5/2013 tentang Organisasi dan Tata Kerja Balai Pembibitan Ternak Unggul dan Hijauan Pakan Ternak yang memutuskan:
 
Pasal 1:
Balai Pembibitan Ternak Unggul dan Hijauan Pakan Ternak yang selanjutnya disingkat BPTU-HPT adalah Unit Pelaksana Teknis di bidang peternakan dan kesehatan hewan yang berada dibawah dan bertanggung jawab kepada Direktur Jenderal Peternakan dan Kesehatan Hewan dan secara teknis dibina oleh Direktur Perbibitan dan Direktur  Pakan Ternak.
 
Pasal 2:
BPTU-HPT mempunyai tugas melaksanakan pemeliharaan, produksi, pemuliaan, pengembangan, penyebaran dan distribusi bibit ternak unggul serta produksi dan distribusi benih/bibit hijauan pakan ternak.

Pasal 3
BPTU HPT menyelenggarakan fungsi:
1. Penyusunan program, rencana kerja, dan anggaran, pelaksanaan kerja sama, serta penyiapan
    evaluasi dan pelaporan;
2. Pelaksanaan pemeliharaan, produksi dan pemeliharaan bibit ternak unggul;
3. Pelaksanaan uji performance dan uji zuriat ternak unggul;
4. Pelaksanaan recording pembibitan ternak unggul;
5. Pelaksanaan pelestarian plasma nuftah;
6. Pelaksanaan pengembangan bibit ternak unggul;
7. Pemberian bimbingan teknis pemeliharaan, produksi dan pemuliaan bibit ternak unggul
8. Pemeliharaan dan pemeriksaan kesehatan hewan dan pelaksanaan diagnosa penyakit hewan;
9. Pelaksanaan pengawasan mutu pakan ternak;
10. Pengelolaan pakan ternak dan hijauan pakan ternak;
11. Pemberian informasi, dokumentasi, penyebaran dan distribusi hasil produksi bibit
      ternak unggul bersertifikat dan hijauan pakan ternak;
12. Pelaksanaan evaluasi kegiatan pembibitan ternak unggul dan hijauan pakan ternak unggul;
13. Pemberian pelayanan teknis pemeliharaan bibit ternak unggul; 14. Memberikan pelayanan
      teknis pemuliaan dan produksi bibit ternak unggul;
15. Pengelolaan sarana dan sarana teknis;
16. Pelaksanaan urusan tata usaha dan rumah tangga BPTU-HPT

Berikut ini adalah nama dan periode Kepala BPT-HMT sampai BPTU-HPT Pelaihari:
• Tahun 1979-1983           : drh.Hasan Sastra Hadiprawira
• Tahun 1983-2001           : Ir.H.Hardiarto
• Tahun 2001-2008           : Ir.Supriyadi, MM
• Tahun 2008-2012           : drh.Putut Budiono SBP
• Tahun 2012-2017           : Ir. Tohir, M.Si
• Tahun 2017-Sekarang    : drh.Gigih Tri Pambudi, MM